Array-CGH Nedir?
Array-based Comparative Genomic Hybridization (array-CGH, aCGH), hasta DNA'sı ile referans DNA'nın farklı floresan boyalarla işaretlenerek genom boyunca yerleştirilmiş binlerce DNA probuyla hibridize edilmesi ilkesine dayanır. Her problu noktada iki örneğin sinyal oranı karşılaştırılarak ilgili bölgede kopya sayısı artışı (duplikasyon) veya azalışı (delesyon) tespit edilir. Klasik karyotipin saptayamadığı mikrodelesyon ve mikroduplikasyonları yüksek çözünürlükle gösterir.
Klinik Endikasyonlar
- Açıklanamayan gelişim geriliği, otizm spektrum bozukluğu
- Dismorfik bulguları veya multipl konjenital anomalileri olan çocuklar
- Prenatal tanıda ileri inceleme (yapısal anomali saptanan fetuslarda)
- Tekrarlayan düşük materyalinde genetik analiz
- PGT-A ve PGT-SR uygulamalarında (geçmişte öncü yöntem)
- Açıklanamayan infertilitede seçilmiş olgular
İşlem Basamakları
- Hasta ve referans DNA'sı izole edilir.
- Farklı floresan boyalarla (Cy3, Cy5) işaretlenir.
- Mikroarray platformuna birlikte hibridize edilir.
- Tarayıcı ile her probdaki sinyal oranı ölçülür.
- Biyoinformatik analizle kopya sayısı varyasyonları raporlanır.
Çözünürlük
Klasik karyotipin çözünürlüğü 5-10 Mb iken, array-CGH platformuna göre 10-100 kb aralığında hassasiyet sunar. Bu nedenle literatürde moleküler karyotip olarak da adlandırılır.
Saptanabilen ve Saptanamayan Değişiklikler
Saptayabildiği:
- Mikrodelesyon ve mikroduplikasyonlar
- Anöploidi (trizomi, monozomi)
- Dengesiz translokasyon ürünleri
- Büyük CNV'ler (Copy Number Variations)
Saptayamadığı:
- Dengeli translokasyon ve inversiyonlar (kopya sayısı değişmediğinden)
- Tek gen mutasyonları (nokta mutasyonu)
- Triploidi (SNP bazlı olmayan array'lerde)
- Düşük seviyeli mozaisizm (< %20)
PGT'de Yeri
2010'lardan itibaren tüm-kromozom taramalı PGT-A için array-CGH yaygın kullanıldı. Günümüzde NGS temelli platformlar daha yüksek hassasiyet ve mozaisizm değerlendirme imkanı sunduğundan, NGS aCGH'ın yerini büyük ölçüde almıştır. Ancak aCGH bazı merkezlerde hâlâ yedek veya doğrulama yöntemi olarak kullanılır.
Sonuçların Yorumu
CNV bulguları ACMG kriterlerine göre sınıflandırılır:
- Patojenik
- Muhtemel patojenik
- Belirsiz önemde varyant (VUS)
- Muhtemel benign
- Benign
VUS sonuçları, genetik danışmanlık ve gerekirse aile segregasyon çalışmalarıyla değerlendirilir.
Klinik Önemi
Array-CGH, özellikle düşük materyalinde ve IVF başarısızlığı araştırmalarında hem anne hem de abortus ürünü genomunu çözmek için güçlü bir araçtır. Tekrarlayan IVF başarısızlığı olan çiftlerde düşük oranlı CNV'ler, embriyo kaynaklı sorunları aydınlatmaya yardımcı olur.